Федеральные органы исполнительной власти создают соответствующие органы исполнительной власти на территории одного или нескольких субъектов РФ, которые получили наименование территориальные органы федеральных органов исполнительной власти (или территориальные органы федерального органа, территориальные органы исполнительной власти).
Территориальный орган федерального органа исполнительной власти создается для осуществления правоприменительных функций, функций по контролю, надзору и оказанию государственных услуг в установленной сфере деятельности, а также для реализации отдельных установленных законодательными и иными нормативными правовыми актами РФ задач и функций соответствующего федерального органа исполнительной власти. Территориальный орган является государственным органом, находящимся в подчинении соответствующего федерального органа исполнительной власти.
Некоторые территориальные органы федеральных органов исполнительной власти могут осуществлять свою деятельность на территории как одного, так и нескольких субъектов РФ. Таким образом, границы территорий, в рамках которых действуют территориальные органы, могут не совпадать с границами субъектов РФ.
Территориальные органы федеральных органов исполнительной власти входят в единую систему органов исполнительной власти РФ и осуществляют свою деятельность под руководством соответствующих федеральных органов федеральной исполнительной власти. Территориальный орган осуществляет свою деятельность во взаимодействии с другими территориальными органами федеральных органов исполнительной власти. При решении совместных задач территориальный орган обеспечивает необходимое взаимодействие с органами исполнительной власти субъекта РФ, органами местного самоуправления, общественными объединениями и иными организациями.
Таким образом, территориальные органы федеральной исполнительной власти не входят в систему органов исполнительной власти соответствующих субъектов РФ, так как они являются подразделениями федеральных органов государственной власти и непосредственно подчиняются последним. Территориальные органы исполнительной власти взаимодействуют с администрациями соответствующих субъектов РФ.
Основные задачи и функции территориальных органов определяются исходя из задач и функций соответствующих федеральных органов исполнительной власти с учетом конкретных особенностей регионов, в которых они осуществляют свою деятельность.
Указом Президента РФ от 2 июля 2005 г. № 773 «Вопросы взаимодействия и координации деятельности органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации и территориальных органов федеральных органов исполнительной власти» высшее должностное лицо субъекта РФ наделено полномочиями по организации взаимодействия и координации деятельности органов исполнительной власти соответствующего субъекта РФ и территориальных органов МВД России, МЧС России, Министерства юстиции РФ, Федеральной службы исполнения наказаний, Федеральной регистрационной службы, Федеральной службы судебных приставов, федеральных министерств и иных федеральных органов исполнительной власти, руководство которыми осуществляет Правительство РФ, федеральных служб и федеральных агентств, подведомственных этим министерствам.